Namun, menjelang pengoperasian pasar tersebut, muncul peringatan keras terkait potensi persoalan tata kelola dan pengawasan. Koordinator Aliansi Pemuda Nusantara, Umar Rizcy Maico, menegaskan bahwa Pasar Sepaku sejak awal dibangun untuk mengubah wajah pusat ekonomi masyarakat lokal, khususnya para pedagang yang selama ini menggantungkan hidup di kawasan tersebut.
Pembagian pedagang di Pasar Sepaku, Sepaku, Penajam Paser Utara, ditata ulang dengan pemisahan zona pedagang basah (ikan, dll.) dan kering (kebutuhan pokok, dll.) agar lebih bersih, nyaman, dan sirkulasi pengunjung lancar, seiring pengembangan IKN yang meningkatkan permintaan dari katering/rumah makan, mendorong omzet pedagang, dengan relokasi sementara saat konstruksi berlangsung, serta pengelolaan adil penting untuk menampung animo pedagang yang besar.  

Detail Pembagian & Penataan:
Zona Basah & Kering: Dipisahkan untuk menjaga kebersihan dan kenyamanan, mencegah bau tidak sedap dari area basah menyebar ke area kering.
Peningkatan Kapasitas & Kenyamanan: Penataan ulang menciptakan pasar yang lebih tertata, bersih, dan menjadi ruang sosial yang hidup, mengakomodasi peningkatan jumlah pedagang dan pengunjung.

Proses & Tantangan:
Relokasi Sementara: Selama pembangunan, pedagang direlokasi sementara agar pembangunan pasar dapat berjalan lancar tanpa mengganggu aktivitas ekonomi.
Pengelolaan Adil: Animo penyewaan kios sangat tinggi, sehingga Otorita IKN didorong untuk mengelola alokasi secara adil dan transparan, bahkan membentuk asosiasi pedagang untuk keadilan. 

Manfaat:
Omzet pedagang meningkat karena peningkatan permintaan dari IKN.
Pasar menjadi lebih representatif dan fungsional sebagai pusat ekonomi lokal dan pendukung IKN.